مرحوم آیتالله سیدجواد خامنهای پس از طی مقدمات علمی به مشهد و نجف میرود و دیگربار به مشهد برمیگردد و آنجا را به عنوان محل دائمی اقامت خود انتخاب میکند. چرایی سکونت در مشهد از زبان فرزند ارشد ایشان بیان شده است.
به گزارش پایگاه خبری تحلیلی بیرجندرسا، به نقل از تسنیم، آیتالله سیدجواد خامنهای، والد فقید رهبر معظم انقلاب فرزند سیدحسین در نجف متولد شد. در کودکی همراه خانواده به تبریز بازگشت و تحت تربیت پدر فقیه و عالم خود رشد یافت. علوم مقدماتی را در مدارس آن زمان تبریز گذراند و سپس راهی مشهد شد و نزد سیدحسین قمی، میرزا محمد آیتاللهزاده خراسانی، حاج فاضل خراسانی و میرزا مهدی اصفهانی درس آموخت و به دنبال آن به نجف عزیمت کرد. حوزه علمیه نجف در آن ایام با آنکه به سبب رحلت آخوند خراسانی دچار رکود مختصری شده بود، اما به جهت حضور شاگردان برجسته وی همچنان انسجام علمیاش پابرجا بود.
سیدجواد خامنهای آنجا به فراگیری سطوح عالی فقه و اصول و دیگر معارف معقول و منقول پرداخت و پس از کسب مقام اجتهاد به تبریز بازگشت و مدتی همانجا ماند و سپس راهی مشهد شد و به دنبال مرگ همسر اولش با بانو خدیجه میردامادی دختر آیتالله حاج سیدهاشم نجفآبادی ازدواج کرد. آیتالله سیدجواد خامنهای سالها در مشهد به تدریس، تعلیم و تربیت طلاب و ارشاد مردم مشغول بود و چندین سال متمادی امامت جماعت مسجد صدیقیها یا مسجد آذربایجانیها (ترکها) را برعهده داشت. درباره سادهزیستی، تهجد، زهد و عبادت او سخنهای زیادی در منابع گفته شده است. او دلبستگی به دنیا نداشت و در نهایت سادگی گذران عمر میکرد. ایشان در عین برخورداری از مقامات عالی علمی و وجهه و محبوبیت مردمی، عالمی پارسا، متواضع و زاهد و به دور از هرگونه پیرایه و تجمل بود.
او خود را سالها وقف تعلیم و تدریس و تربیت عالمان دین کرد و در کمال زهد و پرهیزگاری زیست و پس از عمری طولانی و پربار سرانجام در ۹۳ سالگی در ۱۵ تیر ۱۳۶۵ از دنیا رفت و در توحیدخانه (رواق پشت سر مرقد امام رضا (ع)) به خاک سپرده شد. امام خمینی در پیام تسلیتی که به مناسبت رحلت ایشان دادند، او را عالمی متعهد و باتقوا خواندند.
در آستانه پانزدهم تیرماه، سالروز رحلت آیتالله سیدجواد حسینی خامنهای، پارهای از خاطرات ایشان از لسان فرزند ارشدشان آیتالله سیدمحمد خامنهای را که در کتاب تازه منتشر شده «خاطرات آیتالله سیدمحمد خامنهای» آمده است، مرور میشود، کتابی که به تازگی از سوی مرکز اسناد انقلاب اسلامی برای نخستینبار منتشر و در بیست و ششمین دوره نمایشگاه بینالمللی کتاب تهران عرضه شد:
«والد ما در نوجوانی تحصیلات ابتدایی خود را طبق مرسوم آن زمان در مکتبخانهای در تبریز شروع میکند و پس از طی مقدمات علوم حوزوی، بعد از فوت پدرش به مشهد و سپس به عراق میرود و تحصیلاتش را در حوزه نجف ادامه میدهد. در حدود سالهای ۱۳۳۷ـ ۱۳۳۶ ق دوباره سفری برای زیارت به مشهد میرود و حال و هوای علمی مشهد و حوزه علمیه را بررسی میکند. حوزه علمیه مشهد در آن ایام حوزه بسیار پررونقی بوده و علمای بزرگی در آنجا درس فقه و حکمت میگفتند؛ مثل میرزا محمد معروف به آقازاده خراسانی (پسر آخوند خراسانی) و حاجآقا حسین قمی در فقه و اصول و حاج آقا بزرگ حکیم شهیدی در حکمت و علوم عقلی. از این رو والد ما علاقهمند به ماندن در این شهر میشود. بعد از مدتی، با شنیدن خبر فوت مادرشان در شهر تبریز، به آن شهر برمیگردد و چون متأهل شده بود، همسر اول خود و فرزندانش را از تبریز به مشهد مقدس انتقال میدهد.
ابوی تا حدود سال ۱۳۴۶ ق به همراه خانواده در شهر مشهد اقامت میکند و همان سال برای ادامه تحصیل دوباره راهی عراق و شهر نجف میشود. در نجف عمدتاً به درس میرزا محمدحسین نائینی و سیدابوالحسن اصفهانی میرود و تا سال ۱۳۵۱ ق نیز در نجف میماند که در این سال با گرفتن اجازه اجتهاد از آیات نائینی و سیدابوالحسن اصفهانی و غروی معروف به «کمپانی» به ایران برگشته و به شهر مشهد میرود. در همین سال عیال اول ایشان فوت میکند و ایشان با همسر دومشان که مادر ما باشد ازدواج میکند.
والد ما از جمله علمای باسواد امّا گوشهگیر مشهد به شمار میرفت و چون فصاحت و بلاغت کمی در گفتار داشت درس عمومی نمیگفت، امّا در جلسات خصوصی ایشان شاگردان فاضل معروفی مثل آقا میرزاحسین عبایی و حاج شیخ نصرالله شبستری تربیت یافتند. ایشان در مسجد جامع گوهرشاد و مسجد صدیقیها نماز میخواند. مسجد صدیقیها چون دستهها و مجالس ترکهای مقیم مشهد در آنجا برگزار میشد به نام «مسجد ترکها» معروف شده بود و گاهی دو ماه، محرم و صفر، یعنی شصت شب آنجا مجلس عزاداری بود. بسیاری از علما و فضلای شهرستانها وقتی برای زیارت به مشهد میآمدند در این مسجد با ایشان نماز میخواندند».